A Academia das Ciências de Lisboa recomenda que o termo seja escrito em minúsculas, uma vez que se trata de um nome comum e não de um nome próprio: covid-19 e não Covid-19. E dá preferência que o termo seja utilizado no feminino, pois covid-19 é o nome da doença. A Academia refere ainda outro termo sinónimo que pode ser usado: doença por coronavírus.
A covid-19 é o nome oficial da doença provocada pelo coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2). A palavra covid-19 resulta do acrónimo inglês COVID (de coronavirus disease) e do ano em que a doença foi identificada pela primeira vez: 2019.
A Organização Mundial de Saúde (OMS) utiliza o termo em maiúsculas, seguindo as diretrizes da Classificação Internacional de Doenças (CID-10).
Fonte: Academia das Ciências de Lisboa - Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa - covid-19
Ou...como a Academia das Ciências de Lisboa recomenda que se referencie o seu site:
Academia das Ciências de Lisboa (2020). Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa [em linha], Ana Salgado (coord.). Lisboa: Academia das Ciências de Lisboa/Instituto de Lexicologia e Lexicografia da Língua Portuguesa. Disponível em www.volp-acl.pt.
Nota: Os espigões em formato de coroa na superfície dão o nome de "corona" a essa família de vírus, pois "corona" significa coroa em latim.